Mniej więcej trzydzieści do czterdziestu procent przypadków niepłodności u kobiet zdarza się z przyczyn hormonalnych. Hormony regulują wiele procesów w organizmie, regulują one na przykład działanie jajników oraz są odpowiedzialne za utrzymanie ciąży. Zaburzenia hormonalne mogą być wynikiem hiperprolaktynemii, czyli wysokiego stężenia prolaktyny, która zahamowuje owulację oraz zmniejszenia wydzielanie progesteronu, żeńskiego hormonu płciowego, pomagającego w zagnieżdżaniu się zapłodnionej komórki jajowej. Istnieje również zaburzenie fazy luteralnej, a więc drugiej fazy cyklu miesiączkowego. Poziom progesteronu w tej sytuacji znacznie się zmniejsza, jak również ciałko żółte, czyli przekształcony pęcherzyk jajnikowy działa nieprawidłowo. Za nieprawidłową produkcję hormonów odpowiadają choroby tarczycy lub jajników. Zespół policystycznych jajników występuje gdy w nadmiarze produkowane są przez jajniki hormony męskie. W wyniku takiego procesu pęcherzyki nie dojrzewają, na jajnikach natomiast zaczynają się pojawiać torbiele lub cysty. Choroby tarczycy mogą wywoływać zaburzenia miesiączkowania i płodności. Tarczyca jest organem odpowiedzialnym za bardzo wiele procesów w organizmie. Jej rozregulowanie, czyli nadczynność lub niedoczynność, może mieć nawet poważne konsekwencje dla organizmu.